27 сентября Ельцин окончательно отказался от компромиссов, заявив, что он против одновременных досрочных выборов президента и народных депутатов, которые предлагал Съезд. Позиции сторон стали непримиримыми.
29 сентября президент сформировал Центральную избирательную комиссию по выборам в Государственную думу под председательством Н.Т. Рябова, фактически игнорируя решения Верховного Совета.
2 октября вице-президент Александр Руцкой, формально исполнявший обязанности главы государства согласно решению парламента, подписал указ об освобождении Виктора Черномырдина от должности председателя правительства. Однако этот указ не имел практических последствий — правительство продолжало подчиняться Ельцину.
Ситуация кардинально изменилась в первые дни октября. 3 октября сторонники Верховного Совета предприняли активные действия: захватили здание мэрии Москвы на Новом Арбате и попытались штурмовать телецентр «Останкино». Во время боев у «Останкино» погибли по меньшей мере 46 человек.
Эти события дали Ельцину повод для решительных действий. В ночь с 3 на 4 октября он ввел в Москве чрезвычайное положение. Утром 4 октября начался штурм Дома Советов (Белого дома) с применением бронетехники и артиллерии. Во время прямого эфира радиостанции «Эхо Москвы» Руцкой призвал военных летчиков бомбить Кремль и здание МВД.
К вечеру 4 октября сопротивление было подавлено. Руцкой, спикер Верховного Совета Руслан Хасбулатов и другие лидеры парламентской оппозиции были арестованы и помещены в СИЗО «Лефортово». Официально погибли около 150 человек, включая случайных прохожих.
Ликвидация советской системы власти
После подавления сопротивления Ельцин приступил к полной ликвидации советской системы власти. 7 октября были распущены Моссовет и районные советы Москвы, в нарушение Конституции снят с должности генеральный прокурор В.Г. Степанков. Его место занял А.И. Казанник.
В тот же день были отправлены в отставку главы областных администраций, выступавшие против указа № 1400: Виктор Берестовой (Белгородская область), Виталий Муха (Новосибирская область), Петр Сумин (Челябинская область), Александр Сурат (Амурская область) и другие.
Под давлением был вынужден уйти в отставку председатель Конституционного суда Валерий Зорькин, которому угрожали уголовным преследованием за «правовое обеспечение конституционного переворота». 9 октября Ельцин прекратил полномочия всех Советов народных депутатов по всей стране — от республиканского до сельского уровня.
Принятие новой Конституции
Параллельно с разрушением старой системы создавалась новая. 11 октября были назначены выборы в Совет Федерации, 15 октября — всенародное голосование по проекту новой Конституции на 12 декабря.
9 ноября проект Конституции был опубликован в «Российских вестях» и «Российской газете». 12 декабря состоялось всенародное голосование, в ходе которого за Конституцию проголосовали 58% участников. Одновременно прошли выборы в Совет Федерации и Государственную думу первого созыва.
25 декабря 1993 года новая Конституция была опубликована в «Российской газете» и вступила в силу, окончательно закрепив победу президентской власти над парламентской.
Амнистия и спорные вопросы
23 февраля 1994 года новая Государственная дума приняла постановление об амнистии участников октябрьских событий. Большинство арестованных согласились на амнистию (кроме Руцкого), хотя и не признали себя виновными.
Впоследствии возникли серьезные сомнения в честности голосования 12 декабря. Аналитик администрации президента А.А. Собянин высказал предположения о масштабных фальсификациях, утверждая, что в голосовании участвовало не более 46% избирателей вместо официальных данных. Однако эти обвинения так и не были официально расследованы.
Таким образом, к концу 1993 года в России была установлена новая политическая система с сильной президентской властью, а советская система окончательно ушла в прошлое. Цена этих изменений оказалась высокой — сотни погибших и глубокий раскол в обществе.